专项资金审计不同于传统的财政资金审计、经济责任审计。其资金性质具有资金幅度窄、来源渠道单一、资金流向有针对性等特点，造成专项资金审计具有政策性强、专业度要求高、数据处理量大等难点，因此在专项资金审计时，应当注意资金的性质、范围及流向，从而寻找专项审计的脉络。
一、政策出发，确定专项资金审计框架
1、以“专业”入手，深入了解专项资金。专项资金的审计应当以资金达成的社会效益为落脚点，从资金的政策性解读出发，理清资金的使用目的。审计之前，应当尽量收集该专项资金审计年度所涉及的国家、省、市地方政策，从政策层面上解读该专项资金的使用目的、途径及最终需要达成的社会效益，关注舆情监督。针对政策性强的民生救济类资金，还应当深入研究资金的设立原由及实现的成果标准、救济对象及救济范畴、救济实现途径等，甚至应当延伸审计年度后的新增法律政策并上升思考未来救助走向，兼顾民生所求及社会效益，以政策普惠制带入思考专项资金的真实用途及最佳资金流向，从而理清资金走向过程中的政策框架，为专项资金的审计划定轮廓。
2、以“制度”出发，确认专项资金框架。专项资金的审计不能突破专项资金管理制度，一般专项资金遵循两个制度，一是资金分类统一制度，即财政资金按照资金性质分类，如直达资金管理办法、转移支付资金管理办法、债券资金管理办法等，二是专项资金管理制度，即针对该专项资金特定的管理办法，如专项扶贫资金管理制度、困难群众救助补助资
